The Black Forest

1. Arduenn commented on 2006/3/1, 10.07 h:

Da's een erg leuk stukje. Ik was vorig jaar al eens bij een lezing over Mimi-virussen en iedereen was verbaasd over hoe groot die dingen zijn. De virus-nucleus-hypothese in het stukje is erg interessant. Een typisch geval van 'zo had ik het nog niet bekeken'.

Dat maakt de oersoep ook een stuk complexer: RNA-amplicons, cellen, virussen en alles wat daar tussenin zit.

2. Oersoep commented on 2006/3/1, 10.49 h:

Ja ja, ik voelde me al meteen aangesproken, toen ik dit las.

3. Arduenn commented on 2006/3/1, 11.07 h:

Ik ben zelf ook met stukjes oersoep aan het spelen. Met het hamerhoofd-ribozym van het Tomatenringvlekvirus en het hepatitis delta-ribozym.

4. Jasper commented on 2006/3/1, 11.20 h:

Dus.. dat we van de vissen afstammen is een hoax? we stammen van de virussen af? Euh.. heeft er iemand een samenvatting van dat epistel?

5. Arduenn commented on 2006/3/1, 11.36 h:

Samenvatting: in het begin was er een virus. Dat veranderde in een vis en die veranderde op zijn beurt weer in een mens.

Dat epistel is al een samenvatting, maar waar het op neer komt is dat er hele grote virussen zijn gevonden met heel veel genen en waarvan de replicatie erg lijkt op die van de replicatie van onze celkernen. Sommigen suggereren dat celkern-cellen een symbiose zijn van dergelijke grote virussen met kernloze cellen, zoals cellen met mitochondri�n en chloroplasten een symbiose zijn van celkerncellen met bacteri�n. Die virus-celkern-hypothese is een ontzettend wilde, waarvan ik de overlevingskans op 25% schat.

6. Oersoep commented on 2006/3/1, 11.39 h:

Ik blijf het overigens bizar vinden dat er slechts 1 genetisch systeem bestaat. Is de aanpak met aminozuren ECHT de enige mogelijkheid om replicerende strengen te maken?

Of valt er niet uit te sluiten dat er ook andere systemen zijn geweest?

(Uiteraard ligt op aarde het aminozuren-systeem voor de hand: voldoende C, O, H, N, S, enz. Is er eigenlijk nog een ander atoom dat 3 a 4 bindingen kan hebben, en dus strengen kan vormen?)

7. Oersoep commented on 2006/3/1, 11.47 h:

@Arduenn:

Ik (met mijn beperkte bio-kennis) vind het best plausibel klinken.

Kort door de bocht: Zou zo'n symbiose niet VEEL stabieler zijn dan een bacterie of mimi-virus afzonderlijk? Het virus heeft een velletje om zich heen, en de bacterie heeft een keiharde backup van zijn genoom in de kern.

Waarom zijn er geen virussen die een positieve invloed hebben op onze overlevingskans? Zouden die niet acuut permanent opgenomen worden in onze cellen, tot ze ooit bij ons genoom gaan horen? Of zijn ze er al? Is er een voorbeeld?

(Als bijv. HIV nooit dodelijk zou worden, zou je er oneindig generatie na generatie mee rondlopen. Is er niet al zo'n ziekte?)

8. Arduenn commented on 2006/3/1, 11.56 h:

Ik denk dat er een redelijke kans bestaat dat, als de Aarde 'opnieuw zou beginnen', hetzelfde systeem er weer uit zou rollen, RNA/DNA-codons met drie basen (dus 64 mogelijke combinaties) coderend voor twintig verschillende aminozuren waarvan elf met hydrofobe restgroepen, twee zure, twee basische, een cyclische (hydrofoob) en de rest polair.

Er zijn experimentele setups waarbij RNA zichzelf repliceert zonder tussenkomst van eiwitten.

Alle zwaardere broertjes in het periodieke systeem zijn chemisch verwant, maar minder aanwezig. Je zou aan Si in plaats van C kunnen denken, maar Si-polymeren komen in de natuur niet veel voor, i.t.t. C-polymeren. Blijkbaar zijn ze toch minder chemisch verwant dan je op het eerste gezicht zou vermoeden. (De aanwezigheid van polymeren is een vereiste voor het ontstaan van leven).

9. Arduenn commented on 2006/3/1, 11.59 h:

Die is er. We lopen al milljoenen jaren rond met retroviraal DNA in ons genoom zonder dat we er iets van merken. Ongeveer 2�8% van ons DNA is retroviraal.

10. Oersoep commented on 2006/3/1, 12.00 h:

Komt Si veel in molekuulvorm voor?

Zo niet: Dan is het een redox-probleem, dat er misschien niet zou zijn in een erg zuur/basisch milieu (helaas binas niet bij de hand).

11. Dave commented on 2006/3/1, 12.01 h:

Is een celkern niet heel handig als je onderscheid wilt maken tussen je eigen DNA en dat van virussen? "Dit is niet van mij, want het zit niet in het juiste doosje."

Nog een wildere theorie: Door middel van stop-bits, kun je voorkomen dat virusDNA dat in je genen zit wordt uitgelezen. Het nadeel van zulk DNA is dat je er kanker van kunt krijgen, het voordeel is dat je er wat inspiratie uit kan halen voor leuke eigenschappen, zoals mooie gekleurde staartveren en een knalrooie huidplooi voor aan je keel.

Ik wil zelf graag harige oren, en stekels op mijn ruggegraat, die ik overeind kan zetten als is boos ben, en waarmee ik kan ratelen als ik geil ben.

12. Oersoep commented on 2006/3/1, 12.07 h:

Op die manier is de gedachte van toverdrankjes zo gek nog niet:

Enzym inspuiten dat bepaalde exotische ballast-genen aan het werk zet, en hop, een week later heb je stekels op je rug! (of kanker)

Maarja, er zit meer heil in het uitzetten van rare genen met drankjes, dus ook meer subsidie.

Even een gedachte:

"Er zijn experimentele setups waarbij RNA zichzelf repliceert zonder tussenkomst van eiwitten."

Dus als je daar een buisje van kapot gooit op bijv. venus of mars (op een locatie met enigszins gematigd klimaat) zet je een leuk bonkje evolutie in gang?

Of moet het per se in een bak vol amino's ronddweilen?

13. Kittekat commented on 2006/3/1, 12.12 h:

Dave na een rna-experimentje

14. Dave commented on 2006/3/1, 12.33 h:

Leuk! Die oren zijn al beter zo. Mooi haar ook. Maar die stekels... Ik wil alleen een op elke wervel 1 stekel. Van 17 cm.

Vlekken op je vel zijn ook leuk. Maar niet op de meisjes, aub, anders gaan ze weer lopen klooien met make-up, om de vlekken aan te passen aan een een of andere mode.

Als virussen overleven in vogels, dan doen ze dat door stukken vogel DNA/RNA in te bouwen in hun code, om zo te doen alsof ze bij de vogel horen. Dus als je daar als mens mee besmet wordt, kun je dus zinvolle code voor veertjes en kleurtjes enzo uit het virus downloaden. Maar ja, dan moet je wel weten wat voor code je copieert.

15. Oersoep commented on 2006/3/1, 12.46 h:

Straks krijg je het kolibrie-gen voor 5cm groot zijn.

16. Kittekat commented on 2006/3/1, 12.56 h:

*krijgt een Pinkeltje flashback*

17. Kittekat commented on 2006/3/1, 12.58 h:

ranzige kinderboeken, trouwens

18. Dave commented on 2006/3/1, 13.07 h:

brrrr!

19. Boramor commented on 2006/3/1, 13.13 h:

Maar wel erg vermakelijk!

20. Arduenn commented on 2006/3/1, 13.19 h:

Juist. En daar zit het probleem. Omdat ze alleen maar kunnen repliceren in een bak vol energierijk voedsel en dus elke vorm van stofwisseling ontbeert (behalve dan de replicatie zelf), kunnen we hier niet van artificieel leven spreken.

21. jorrit commented on 2006/3/2, 8.46 h:

Misschien dan toch deze theorie als onstaansgeschiedenis van de celkern?

22. Arduenn commented on 2006/3/2, 9.10 h:

Hehe, dat is toevallig. Precies van vandaag, maar het sluit de rol van virussen nog steeds niet uit, als ik alleen op de abstract afga.

23. jorrit commented on 2006/3/2, 13.43 h:

nee, volgens mij ook niet, maar ik heb net even geen zin om het hele ding te lezen. Liever lui dan goed ge�nformeerd...